Les tests ADN Crushside pour les bovins plus proches de la réalité

Test ADN appareil portable

Centrale Bœuf, 01/09/2023
Source : www.beefcentral.com

La technologie de séquençage PORTABLE utilisée à l’origine pour suivre la propagation du COVID s’avère désormais prometteuse en tant que moyen rentable de déterminer les valeurs d’élevage directement sur les propriétés des bovins.

Les scientifiques de l’Université du Queensland testent ce qu’on appelle le génotypage côté écrasement pour prédire les traits de production importants.

Le candidat au doctorat de l’Alliance du Queensland pour l’agriculture et l’innovation alimentaire, Harry Lamb , a déclaré que cette approche signifierait que les producteurs n’auraient plus à envoyer des échantillons de poils de queue ou de tissus à un laboratoire pour le génotypage.

« Il existe un énorme potentiel pour que cela soit utilisé sur un certain nombre de traits de production sur lesquels les chercheurs du QAAFI travaillent, y compris la résistance aux parasites, les taux de croissance, la production de méthane par l’intestin et les traits liés au bien-être animal », a déclaré M. Lamb.

« Il existe même des possibilités de diagnostic à la ferme de maladies chez les bovins, telles que les maladies respiratoires bovines. »

Un appareil portable appelé MinION utilise de l’ADN extrait de poils de queue ou d’échantillons de tissus pour fournir des données génétiques.

L’appareil est plus petit qu’un grille-pain et fait passer des dizaines de molécules d’ADN individuelles d’un échantillon à travers un pore biologique, perturbant le flux d’ions dans le processus.

Harry Agneau

M. Lamb a déclaré que cela permettait de « lire » la séquence d’ADN.

« Nous ne lisons pas le génome entier, mais lisons des extraits d’ADN et assemblons le reste du génome à l’aide d’un logiciel », a-t-il déclaré. « Cela nous aide à accélérer le processus et à tester de nombreux animaux à la fois. »

« Nous avons déjà démontré que nous pouvons utiliser cet appareil pour dériver des valeurs d’élevage avec la même précision que la technologie de prédiction génomique existante, alors maintenant nous nous attaquons à la logistique de faire cela à la ferme. »

Les travaux font partie du projet Northern Genomics dirigé par le directeur du UQ Center for Animal Science, le professeur Ben Hayes, en partenariat avec Meat & Livestock Australia (MLA), qui a établi une population de référence pour la prédiction génomique dans l’industrie bovine du Nord.

Le projet a incorporé des données provenant des troupeaux de 54 producteurs de bœuf du Nord et a impliqué des comparaisons de génotypes par rapport aux caractéristiques de performance des animaux.

M. Lamb mène actuellement des études de preuve de concept pour le génotypage côté broyage sur la propriété.

« Cela semble très prometteur, mais nous essayons toujours d’optimiser le système pour réduire les coûts », a-t-il déclaré.

Des essais récents ont indiqué que 100 animaux pouvaient être génotypés en 24 heures pour un peu plus de 55 $ par échantillon.

Potentiel important

Hamish Chandler , directeur du programme de génétique de MLA, a  déclaré que la technologie avait un potentiel important pour les systèmes de production extensifs de l’industrie bovine du Nord.

« Dans les systèmes extensifs du Nord, le bétail n’est souvent manipulé qu’une fois par an, ce qui limite vraiment notre capacité à collecter des informations, à analyser les données, puis à prendre une décision de sélection éclairée sans avoir à manipuler à nouveau le bétail ultérieurement », a déclaré M. Chandler. m’a dit.

« La technologie de génotypage côté écrasement change cela. Cela nous permet de prendre des décisions éclairées sur les animaux porteurs des gènes que nous voulons conserver dans notre programme d’élevage et sur les animaux qui doivent être abattus pendant qu’ils sont encore dans les cours.

M. Lamb a déclaré que des travaux sur le terrain auraient lieu cette année, dans le but d’achever la technologie à temps pour en faire la démonstration à Beef 2024 à Rockhampton.

« De tous les producteurs à qui j’ai parlé, la réponse a été très positive », a-t-il déclaré.

À l’avenir, la technologie pourrait également avoir des applications dans les diagnostics rapides à la ferme.

« Nous espérons que la technologie apportera des avantages supplémentaires », a déclaré M. Lamb.

« Une autre étude récente a démontré que nous pouvons détecter les bactéries et les virus associés aux maladies respiratoires bovines tout en générant des valeurs d’élevage à partir du même test.

« Il existe également d’autres chercheurs intéressés à explorer comment ils pourraient utiliser la technologie MinION pour surveiller les épidémies de maladies exotiques dans le nord de l’Australie. »

  • Cette recherche est financée par Meat & Livestock Australia, MLA Donor Company, le Queensland Department of Agriculture and Fisheries et l’Université du Queensland.