Les bactéries bovines contribuent-elles à la résistance aux antibiotiques en médecine humaine?

E. coli vit dans le tube digestif des animaux et des oiseaux à sang chaud. La plupart sont inoffensifs, certains sont bénéfiques et certains (comme E. coli O157: H7) peuvent être très dangereux. E. coli est également impliqué dans la résistance aux antibiotiques.

 Tiré de beefresearch.ca – par Dr Renold Bergten – Publié le 19 novembre 2020
| Traduction et adaptation libre par la rédaction |

Les E. coli «produisant des bêta-lactamases à spectre étendu» (ou BLSE) sont une préoccupation majeure en médecine humaine. Ces bactéries sont résistantes à de nombreux antibiotiques utilisés en médecine humaine et vétérinaire. Les E. coli ordinaires peuvent provoquer des infections des voies urinaires ou du sang chez les humains. Ils sont généralement assez faciles à traiter avec des antibiotiques. Mais si les E. coli BLSE sont responsables, l’infection ne peut pas être facilement traitée avec des antibiotiques et la maladie peut être bien pire, voire mortelle.

E. coli provoque rarement des maladies chez les bovins d’engraissement. Mais les E. coli BLSE sont toujours un sujet de préoccupation, car les gènes de résistance aux antibiotiques sont souvent situés sur des «éléments génétiques mobiles» que les bactéries peuvent échanger entre elles, même avec des bactéries totalement indépendantes. Ainsi, les bactéries BRD résistantes aux antibiotiques telles que Mannheimia, Pasteurella ou Histophilus peuvent se propager leurs gènes de résistance aux antibiotiques les unes aux autres, voire à E. coli. C’est comme un border collie qui développe des cornes après une journée de troupeau de Hereford.

Le Dr Tim McAllister et d’autres chercheurs d’Agriculture et Agroalimentaire Canada, de l’Université du Manitoba, de l’Agence de la santé publique du Canada, de l’Agence canadienne d’inspection des aliments, de l’Alberta Agriculture and Forestry, des Feedlot Health Management Services et de l’Université de Calgary ont recherché des BLSE E. coli dans les environnements de parcs d’engraissement et les a comparés à E. coli BLSE isolés des environnements humains Les résultats de cette étude Beef Cluster ont été publiés plus tôt cette année (Whole Genome Sequencing Differentiates Presumptive Extended Spectrum Beta-lactamase Producing Escherichia coli along Segments of the One Health Continuum , doi: 10.3390 / microorganisms8030448).

Ce qu’ils ont fait : En deux ans, 7 325 isolats d’E. Ccoli ont été recueillis dans quatre parcs d’engraissement du sud de l’Alberta (excréments de plancher de parc, eau du bassin de captage et ruisseaux de surface), une usine d’emballage (peaux, carcasses lavées, bandes transporteuses, parures, coupes de muscles entiers. et bœuf haché), les usines de traitement des eaux usées (Calgary et Medicine Hat) et les patients humains (Calgary Laboratory Services). Les souches d’E. coli BLSE suspectes provenant des parcs d’engraissement et des usines d’emballage étaient rares et n’ont pu être trouvées qu’après avoir été exposées à plusieurs antibiotiques. En revanche, E. coli BLSE pourrait être facilement trouvé dans des échantillons de stations d’épuration ou d’humains sans utiliser plusieurs antibiotiques pour supprimer d’autres E. coli . Ensuite, tous les E. coli restantsles isolats ont été testés pour leur résistance à 11 classes différentes d’antibiotiques pour confirmer leur statut BLSE. Dans l’ensemble, 750 E. coli BLSE potentiels de toutes les sources ont été identifiés, et 162 d’entre eux ont été séquencés par l’ADN pour identifier les gènes de résistance aux antibiotiques, évaluer leur degré de parenté et trouver des éléments génétiques mobiles.

Ce qu’ils ont appris : Des E. coli BLSE ont été trouvées dans des échantillons de bovins, de transformation de bœuf et d’humains. Cependant, seuls quatre isolats d’E. coli BLSE ont été trouvés dans les échantillons de transformation du bœuf, ce qui suggère que le lavage des carcasses, les étapes de nettoyage et d’autres interventions utilisées pour lutter contre les agents pathogènes de la salubrité des aliments dans les usines de conditionnement aident à empêcher le mouvement potentiel d’E. coli BLSE des bovins vers humains.

Tous les E. coli BLSE portaient des gènes de résistance à plusieurs antibiotiques. Mais le séquençage de l’ADN a révélé que différents gènes de résistance aux antibiotiques prédominaient dans E. coli BLSE provenant d’environnements différents. Parmi les 13 gènes de résistance aux antibiotiques qui différaient entre les E. coli BLSE provenant d’échantillons associés aux bovins et aux humains, 11 étaient plus courants dans les E. coli BLSE provenant d’échantillons associés aux humains. Cela semble suggérer que l’E. coli BLSE qui prévalait dans les eaux usées et les échantillons humains ne provenait probablement pas de bovins.

Trois «familles» principales ont émergé lorsque la parenté génétique a été comparée entre les E. coli BLSE isolés à partir des différentes sources. Ceux isolés des parcs d’engraissement, des bassins de captage et des cours d’eau étaient étroitement liés les uns aux autres, ceux de l’usine d’emballage étaient étroitement liés les uns aux autres et ceux des patients cliniques et des eaux usées municipales étaient étroitement liés les uns aux autres. Mais il y avait très peu de parenté ou de chevauchement génétique entre les trois groupes. Comme d’autres bactéries, E. coli évolue pour s’adapter à leur environnement, et il peut être difficile pour un E. coli d’un environnement de prospérer dans un autre.

Les éléments conjugatifs intégratifs (ICE), un groupe d’éléments génétiques mobiles que les bactéries utilisent pour transporter et commercialiser des gènes de résistance aux antibiotiques, sont rarement trouvés dans E. coli ordinaire . Mais des ICE ont été trouvés dans les 162 isolats d’E. coli BLSE dans cette étude. Les analyses génétiques ont révélé que la plupart de ces ICE provenaient probablement de différentes bactéries comme Vibrio, Pseudomonas, Salmonella ou Yersinia . Bien que les défis environnementaux et les interventions en matière de salubrité des aliments contribuent tous à empêcher le passage d’E. coli BLSE des bovins aux humains, les bactéries peuvent encore être capables de «séparer» leurs gènes de résistance aux antibiotiques d’un environnement à un autre.

Ce que cela signifie : Cette étude ajoute à un nombre croissant de preuves que la résistance aux antibiotiques chez les bactéries associées aux bovins de boucherie ne conduit probablement pas à la résistance aux antibiotiques associée aux bactéries chez les humains.

Mais il souligne également l’importance d’une utilisation appropriée des antibiotiques. Lorsque les bactéries parviennent à assembler plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques sur le même élément ICE, le terrain est prêt pour une propagation rapide de la résistance multi-médicamenteuse parmi un grand nombre de bactéries différentes, que ce soit à la ferme ou à l’hôpital.

Source : http://www.beefresearch.ca/blog/do-cattle-bacteria-contribute-to-antibiotic-resistance-in-human-medicine/