La technologie améliore l’identification des virus courants

La maladie respiratoire bovine est généralement considérée comme la maladie économique la plus importante et la plus coûteuse des bovins de boucherie.

Les estimations varient, mais jusqu’à 75 pour cent des traitements antimicrobiens et 50 pour cent de la mortalité chez les bovins d’engraissement peuvent être attribués à des maladies respiratoires.

Tiré de producer.com – par John Campbell – Publié le 12 novembre 2020
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Les facteurs de stress tels que le sevrage, le transport et le mélange jouent un rôle important dans la maladie en compromettant le système immunitaire de l’animal. Le mélange et le surpeuplement peuvent également jouer un rôle dans la transmission de virus et de bactéries entre les animaux.

Il existe une variété de bactéries et de virus associés à la BRD et ils agissent souvent en combinaison pour provoquer des maladies respiratoires.

Les virus peuvent supprimer certaines parties des mécanismes de défense normaux des voies respiratoires ou altérer le système immunitaire, permettant à diverses bactéries de coloniser les poumons et de provoquer une pneumonie.

Les bactéries généralement associées aux maladies respiratoires comprennent Mannheimia hemolytica, Pasteurella multocida, Histophilus somni et Mycoplasma bovis.

Nous avons des vaccins commerciaux disponibles pour tous ceux-ci à l’exception de Mycoplasma bovis. Ces vaccins font souvent partie de la stratégie de lutte contre les maladies respiratoires chez les bovins des parcs d’engraissement.

Les virus couramment associés aux maladies respiratoires comprennent la rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR), le virus parainfluenza 3 (PI3), le virus respiratoire syncytial bovin (BRSV) et le virus de la diarrhée virale bovine (BVD). Ces quatre virus sont généralement inclus dans les vaccins commerciaux administrés aux bovins des parcs d’engraissement et aux vaches et veaux des troupeaux vache-veau.

Traditionnellement, les chercheurs et les diagnosticiens identifieraient les virus à partir d’écouvillons nasaux ou d’échantillons de tissus en utilisant une technique connue sous le nom d’isolement viral. Le virus devrait être cultivé sur une culture cellulaire spéciale en laboratoire, puis identifié.

Dans certains cas, les chercheurs et les vétérinaires peuvent utiliser des échantillons de sang pour identifier les anticorps sanguins dirigés contre divers virus afin de démontrer qu’un animal a été exposé au virus. Ces deux techniques sont lentes à donner une réponse et ont tendance à être utilisées uniquement pour des virus ciblés et spécifiques.

Cependant, des avancées majeures permettent désormais aux chercheurs d’utiliser une nouvelle technologie connue sous le nom de «séquençage à haut débit» où au lieu de cultiver les virus individuellement, ils utilisent l’écouvillon nasal pour identifier toutes les molécules d’ADN ou d’ARN présentes dans l’échantillon et séquencer ces molécules.

Les chercheurs peuvent ensuite trier par ordinateur la grande quantité d’informations et identifier le matériel génétique associé à divers virus en séquençant ces empreintes d’acide nucléique. Ce domaine de recherche et de diagnostic en évolution rapide est connu sous le nom de métagénomique.

Un article récent du Transboundary and Emerging Diseases Journal a été rédigé par un groupe de chercheurs utilisant ces nouvelles techniques pour explorer les virus associés aux maladies respiratoires bovines chez les bovins des parcs d’engraissement de l’Ouest canadien.

L’équipe de recherche comprenait des chercheurs des Prairie Diagnostic Services, de l’Université de la Saskatchewan, de l’Université de Calgary et d’Agriculture Canada. Ils ont utilisé des techniques de métagénomique pour identifier les virus à partir d’échantillons prélevés sur 116 bovins de quatre parcs d’engraissement du sud de l’Alberta.

Les chercheurs ont échantillonné des bovins identifiés comme atteints de maladies respiratoires et également des bovins témoins sains.

Les bovins malades ont été identifiés par les vérificateurs d’enclos comme présentant des signes cliniques de BRD et il a été confirmé qu’ils avaient une fièvre ainsi que des bruits pulmonaires anormaux et des signes de marqueurs inflammatoires dans leur sang.

Les chercheurs ont également échantillonné un nombre égal d’animaux en bonne santé. Échantillons comprenant un écouvillon nasal profond ainsi qu’un prélèvement de liquide trachéal.

Les échantillons ont été prélevés pour un séquençage métagénomique afin d’identifier le matériel génétique associé à divers virus dans les échantillons. Il est important de se rappeler que tous ces bovins ont été vaccinés à l’arrivée contre les virus IBR, BVD, PI3 et BRSV avec un vaccin commercial.

Les chercheurs ont identifié une liste de 21 virus à partir de ces échantillons. Cependant, lorsqu’ils ont comparé les virus identifiés chez les bovins malades aux virus identifiés chez les bovins sains, quatre suspects se sont immédiatement démarqués. Les quatre virus qui semblent être associés aux maladies respiratoires comprenaient le virus de la grippe D, le virus de la rhinite B bovine, le virus respiratoire syncytial bovin (BRSV) et le coronavirus bovin.

Ces quatre virus étaient beaucoup plus fréquemment observés dans les cas de maladie respiratoire que chez les témoins sains, ce qui pourrait suggérer qu’ils pourraient jouer un rôle dans le développement de la maladie.

Il était intéressant de noter qu’un seul de ces quatre virus (BRSV) était l’un des suspects habituels pour lesquels nous avons actuellement des vaccins commerciaux. Le virus BRSV a été identifié dans 17 pour cent des échantillons de cas et 2 pour cent des échantillons témoins. Le virus de la diarrhée virale bovine et le virus PI3 ont été identifiés dans un ou deux échantillons et le virus IBR n’a pas été identifié du tout. C’est peut-être parce que les vaccins que nous utilisons sont assez efficaces pour ces virus particuliers.

Cependant, un certain nombre de virus ont été identifiés qui semblent être potentiellement associés à des maladies respiratoires pour lesquelles nous ne disposons actuellement pas de vaccins. Ceux-ci comprenaient le virus de la grippe D, qui a été trouvé dans 22% des échantillons de cas et 5% des témoins sains. Le virus Influenzas D a été identifié pour la première fois chez des porcs aux États-Unis. Plusieurs études ont depuis identifié ce virus comme relativement commun dans les populations bovines du monde entier. Dans l’étude de l’Ouest canadien, presque tout le virus de la grippe D a été détecté dans les échantillons sur écouvillon nasal et presque aucun dans les échantillons des voies respiratoires inférieures.

Les deux autres virus associés aux maladies respiratoires étaient le virus de la rhinite B bovine et le coronavirus bovin. Les coronavirus bovins ont longtemps été soupçonnés de jouer un rôle dans les maladies respiratoires bovines et cette étude en fournit une preuve supplémentaire, 19% des animaux malades étant porteurs du virus, contre 3% des témoins.

Le virus de la rhinite B bovine a été observé dans 28 pour cent des cas et 10 pour cent des témoins sains. Cela semble être la première preuve de ce virus particulier signalé chez les bovins canadiens.

Ces résultats peuvent éventuellement conduire à une meilleure compréhension du microbiome des voies respiratoires des bovins et à l’implication de divers virus dans les maladies respiratoires. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour évaluer l’importance de certains de ces virus, mais cela pourrait éventuellement conduire au développement de nouveaux vaccins.

John Campbell est professeur au département des sciences cliniques des grands animaux du Western College of Veterinary Medicine de l’Université de la Saskatchewan.

Source : https://www.producer.com/2020/11/technology-improves-identification-of-common-viruses/