La recherche sur le séquençage génétique pourrait contribuer à une détection plus rapide des maladies émergentes

Une nouvelle étude menée à l’Université du Minnesota démontre la précision avec une méthode plus rapide de détection et de surveillance des maladies utilisant le séquençage génétique Oxford Nanopore MinION pour identifier la maladie au niveau de l’espèce et de la souche.

Tiré de drovers.com – par Katie James – Publié le 9 décembre 2020
| Traduction et adaptation libre par la rédaction |

Les chercheurs ont commencé avec des échantillons de Senecavirus A (SVA), qui ont ensuite été analysés à l’aide du séquenceur Oxford Nanopore MinION, et des séquences du génome entier ont été créées à l’aide de méthodes de séquençage direct d’ARN et de séquençage PCR-ADNc.

«Le monde est vraiment interconnecté et l’infection d’une partie du globe finira par se propager à une autre partie du globe. Certaines de ces maladies animales étrangères (DCP) comme la fièvre aphteuse, bien qu’elles ne soient pas présentes aux États-Unis pour le moment, nous pensons qu’elles arriveront inévitablement aux États-Unis», déclare Cheryl Dvorak, PhD, chercheuse en médecine vétérinaire. et le département des sciences biomédicales de la faculté de médecine vétérinaire de l’Université du Minnesota, et a dirigé l’étude. «Alors, qu’allons-nous faire lorsqu’un de ces DCP arrive aux États-Unis? Allons-nous pouvoir le diagnostiquer rapidement? Et comment pouvons-nous le contrôler, pour qu’il ne traverse pas les États-Unis?»

Le séquençage génétique permet d’identifier l’empreinte ADN spécifique de la maladie, ce qui permettra d’améliorer la surveillance de la maladie lorsque la maladie est détectée dans un troupeau. Et la méthode est flexible, la technologie peut être appliquée à des échantillons d’autres maladies.

«La beauté du séquençage est que vous connaissez toute la séquence génétique du virus et que vous pouvez déterminer la souche du virus. Alors vous savez, est-ce une souche qui vient d’à côté ou est-ce la même souche que vous aviez il y a six mois et elle est revenue d’une manière ou d’une autre», explique Cheryl Dvorak.

Cette différenciation permettra aux éleveurs et aux vétérinaires d’identifier les lacunes dans les processus de biosécurité s’il s’avère qu’une nouvelle souche de maladie a été introduite dans la ferme et est différente de l’agent pathogène d’origine auquel ils avaient été confrontés.

La technologie n’est pas tout à fait au point où elle peut être effectuée à la ferme — les échantillons doivent encore être envoyés à un laboratoire de diagnostic — mais Cheryl Dvorak a bon espoir que le séquençage génétique pourra être fait au niveau de la ferme.

«Si vous aviez cet outil de diagnostic sur votre ferme, vous pourriez découvrir en 6 à 8 heures s’il s’agit réellement de fièvre aphteuse, rien que grâce au séquençage. Ce n’est pas encore tout à fait là, mais c’est là que nous nous dirigeons. Il y a quelques étapes qui doivent encore être effectuées dans un laboratoire de diagnostic. Mais l’idée est que finalement, le vétérinaire pourrait l’avoir et prélever un échantillon et commencer à l’exécuter tout de suite, et vous pourriez avoir vos résultats en 8 heures. Vous saurez exactement ce que contient cet échantillon», dit-elle.

Source : https://www.bovinevetonline.com/news/veterinary-research/genetic-sequencing-research-could-assist-quicker-emerging-disease