La génomique peut aider à relever les défis futurs

Les éleveurs subissent des pressions croissantes pour produire plus de protéines avec moins de ressources, et sont confrontés à l’examen minutieux des consommateurs sur des questions telles que l’utilisation de l’eau et des terres, le changement climatique et la résistance aux antimicrobiens.

Pour relever ces défis, les progrès génétiques, en particulier l’utilisation de la génomique, peuvent jouer un rôle important dans la création d’un avenir solide pour les éleveurs de bétail de l’Ontario, selon un récent livre blanc publié par la Livestock Research Innovation Corporation (LRIC).

Tiré de farmtario.com – par Kristy Nudds – Publié le 29 juin 2021
| Traduction et adaptation libre par la rédaction |

La génomique peut aider les industries de l’élevage à relever les défis de l’avenir, mais il reste encore beaucoup de travail à faire.

La génomique étudie le génome entier, ou tous les gènes d’un animal et comment ces gènes interagissent les uns avec les autres, ce qu’ils font et comment ils influencent la croissance et le développement.

Dans un webinaire organisé le 8 juin par LRIC sur la génomique, le Dr Stephen Miller, directeur adjoint de l’Unité de génétique animale et de sélection à Armidale, en Australie et ancien professeur de génétique des bovins de boucherie à l’Université de Guelph, a donné un aperçu de la façon dont la génomique a fait progresser les gains dans l’élevage, et quelle direction cela pourrait prendre à l’avenir.

Le Dr Miller dit qu’avant de séquencer les génomes des animaux, le progrès génétique était lent. Grâce à l’utilisation de la génétique moléculaire (en identifiant les gènes d’intérêt individuels), il dit que les scientifiques ont pu découvrir certains gènes qui affectaient certains traits du bétail, mais « cela n’a pas été un grand succès ».

Mais l’utilisation de la génomique a été « transformatrice », dit-il.

Par exemple, une fois que le génome des bovins a été entièrement identifié en 2009, l’industrie laitière a connu des améliorations phénoménales de l’indice de profit à vie (IPV), qui est une expression du mérite génétique. Avant 2009, les valeurs de reproduction estimées étaient utilisées et calculées à l’aide de mesures de performance animale ainsi que de relations généalogiques entre les animaux, indique le document du LRIC. Bien que les progrès génétiques aient augmenté d’année en année, l’introduction de la sélection génomique en plus des mesures de performance et de pedigree lui a donné un « grand coup de pouce ».

Le Dr Miller ajoute que le gain LPI par an en moyenne avant 2009 était d’environ 46 points, et lorsque la sélection génomique a été mise en œuvre, « il dépasse maintenant 100 points», ce qui est un peu plus du double du gain génétique.

«En réalité, ce que fait la technologie, c’est qu’elle vous permet de proposer une prédiction génétique précise basée sur le génotype (la constitution génétique d’un animal).»

Il dit que l’avantage est que l’industrie peut génotyper de jeunes taureaux sans avoir à attendre d’avoir des milliers de filles en lait et qu’il ait plusieurs années pour déterminer sa valeur génétique. «Cela raccourcit vraiment l’intervalle de génération et augmente la précision sur les jeunes animaux.»

Maintenant que l’analyse génomique existe depuis un peu plus d’une décennie, le coût de réalisation de l’analyse a diminué, ce qui en fait une composante plus abordable des programmes de sélection animale, selon LRIC. Il note que lorsque le génome humain a été séquencé en 2001, le coût était de 100 millions de dollars, mais le coût aujourd’hui serait inférieur à 1 000 dollars.

Alors que la génomique a accéléré le progrès génétique et continuera d’être un outil important dans la sélection d’animaux avec des caractéristiques de performance clés. «Ce n’est pas magique et il reste encore beaucoup de travail à faire dans ce domaine», dit Stephen Miller.

Il ajoute que l’utilisation de la génomique pour identifier un trait que vous souhaitez modifier n’est qu’une partie du processus – un ensemble de référence de milliers d’animaux est toujours nécessaire pour mesurer le trait par rapport au génotype. Bien que des gènes individuels puissent être identifiés, comprendre comment le gène influence un trait nécessite des mesures sur de très nombreux animaux pour augmenter la précision de la sélection.

La plus grande pierre d’achoppement pour les généticiens est de comprendre la relation entre le phénotype (la performance d’un animal) et son génotype.

Le LRIC affirme que les facteurs environnementaux tels que l’alimentation, le logement et la santé peuvent avoir un impact significatif sur les performances des animaux. Le génotype détermine le potentiel génétique d’un animal, mais ce potentiel peut être fortement limité si l’environnement dans lequel se trouve l’animal n’est pas optimal.

Bien que certains traits tels que la croissance soient relativement faciles à mesurer, les traits d’intérêt tels que la santé sont beaucoup plus dynamiques, explique Stephen Miller. C’est pourquoi l’utilisation de la génomique comme outil avec de grands ensembles d’animaux de référence et une gestion appropriée seront essentielles pour progresser dans ce domaine.

Mais cela ne signifie pas que des progrès ne peuvent pas être réalisés à l’avenir.

«Si vous pouvez le rêver en termes de ce que vous voulez changer, vous pouvez le changer. Il s’agit simplement de le mesurer, de le génotyper et de faire des sélections. Et puis vous répétez… mesurez le génotype, sélectionnez et répétez», dit-il.  «La méthode et la recette sont là.»

M. Miller dit qu’il pense que la génomique peut fournir une solution clé aux défis auxquels les éleveurs de bétail seront confrontés à l’avenir.

«C’est vraiment à l’industrie de déterminer où elle veut prendre cela et quels défis elle veut relever.»

Source : https://farmtario.com/livestock/genomics-can-help-meet-future-challenges/