Des outils de pointe pour l’amélioration des bovins de boucherie

Un projet dirigé par le Western College of Veterinary Medicine apporte une suite d’outils de haute technologie à la recherche sur l’amélioration du bœuf : caméras espion, traitement de données biométriques avec apprentissage automatique, génomique avancée – l’initiative IntegrOmes vise à pousser les derniers outils à la pointe au service de l’amélioration des bovins de boucherie.

Tiré de producer.com — par Michael Robin — Publié le 22 avril 2021
| Traduction et adaptation libre par la rédaction |

«C’est un terrain d’essai parfait pour ces nouveaux outils, et ils sont nouveaux», a déclaré le Dr Gregg Adams, spécialiste de la reproduction au Western College of Veterinary Medicine, qui dirige le projet.

IntegrOmes (omique intégrée pour l’agriculture animale durable et la gérance de l’environnement) sera basé au Centre d’excellence pour l’élevage et le fourrage (LFCE) de l’Université de la Saskatchewan, juste au sud-est de Saskatoon, près de Clavet.

Les «omiques» dans le nom se réfèrent à une suite d’outils. La génomique s’intéresse aux gènes, la protéomique aux protéines qu’ils produisent dans diverses conditions, la phénomique aux caractéristiques physiques et la microbiomique aux communautés microbiennes complexes qui vivent, par exemple, dans le rumen des bovins.

IntegrOmes se penchera sur certaines questions de performance familières telles que la conversion alimentaire et la prévalence de la maladie, mais aussi les traits de comportement.

Par exemple, les gènes peuvent-ils déterminer quelles génisses grandiront pour devenir de bonnes mères? Pour le savoir, les chercheurs prévoient d’utiliser des photos numériques et des vidéos pour observer le bétail au fil du temps dans les pâturages et dans des espaces clos. Ils rechercheront des comportements tels que la vitesse à laquelle un veau se lève après la naissance et la capacité d’une vache à accepter son veau dans ses tentatives d’allaiter.

AlphaPhenomics, partenaire d’IntegrOmes, a fourni les moyens de capturer et d’analyser les données. La startup technologique basée en Alberta a développé des outils d’imagerie, du matériel et des logiciels pour «la mesure biométrique non invasive du bétail».

Le Dr Adams a déclaré que ces données comportementales seront combinées avec des mesures telles que la taille du pis et le poids du veau au sevrage. Avec ces informations, les chercheurs se tourneront vers un autre ensemble d’outils – la génomique – pour voir s’ils peuvent identifier les gènes associés à un bon maternage. S’ils trouvent de tels gènes, ils peuvent être utilisés pour sélectionner ces caractères dans les programmes de sélection, ce qu’on appelle la sélection assistée par marqueurs, et cela s’appliquerait à la fois aux vaches et aux taureaux.

«Si nous pouvons identifier un taureau Simmental dans un croisement à trois ou à deux voies qui produira des veaux qui seront de bonnes mères, ce serait utile», a déclaré Gregg Adams.

La sélection assistée par marqueurs est nouvelle dans l’industrie du bœuf, mais elle a depuis longtemps fait ses preuves pour les bovins laitiers.

«La technologie SNP chez les bovins laitiers a été l’avancée la plus importante en matière de sélection génétique, je pense, dans l’histoire de l’industrie laitière», a déclaré Gregg Adams.

Les SNP, ou polymorphismes mononucléotidiques, sont des variations de gènes qui peuvent être utilisés comme marqueurs pour guider les efforts de sélection. Le Dr Adams a déclaré que pour les produits laitiers, c’était une formidable réussite en termes d’augmentation de la production de lait. Des améliorations constantes au cours des 50 dernières années signifient que les vaches d’aujourd’hui produisent trois fois plus de lait.

C’est aussi un récit édifiant, car chasser ce seul trait peut se faire au détriment d’autres, comme la fertilité, ce que les éleveurs laitiers s’efforcent maintenant de corriger.

La fertilité est la spécialité d’Adams et il voit un potentiel excitant pour les bovins de boucherie.

«Nous savons qu’en utilisant la sélection génétique conventionnelle, elle n’est pas considérée comme très héréditaire, donc les progrès sont lents», a-t-il déclaré. «Mais si nous utilisons des traits de sélection vraiment ciblés et basés sur les SNP, nous devrions être en mesure de faire de réels progrès en matière de fertilité, afin de pouvoir sélectionner à la fois du côté de la mère et du père.»

Un objectif potentiel est de chronométrer l’ovulation chez les vaches afin que des troupeaux entiers de 100 animaux ou plus puissent être servis par insémination artificielle en une seule journée. Cela aurait des avantages immédiats pour les producteurs.

«Ce serait bien d’avoir une saison de vêlage de trois semaines plutôt que de trois mois», a déclaré Adams.

Pour soutenir ces efforts, IntegrOmes met également en place une «biobanque» au LFCE pour le sperme de taureau, les œufs de vache et les embryons fécondés. L’installation sera également utilisée dans le cadre d’un programme parallèle pour guider le développement et la conservation de la génétique pure du bison.

L’équipe de recherche IntegrOmes comprend un large éventail d’expertise, provenant d’universités de la Saskatchewan et de l’Alberta, ainsi que d’Agriculture Canada et du zoo de Toronto. Ils examinent des indicateurs de production tels que le gain de poids et l’efficacité alimentaire, mais aussi la détection et le contrôle des maladies et des traits de comportement comme les préférences fourragères. D’autres projets se pencheront sur des aspects environnementaux tels que la production de méthane à partir de micro-organismes du rumen sous différents régimes alimentaires et fourragers.

Alors que la technologie des tests génétiques devient plus petite et plus portable, le Dr Adams envisage des outils qui peuvent être utilisés directement par les producteurs dans leur gestion quotidienne.

«Vous pouvez cueillir des poils, les introduire dans un appareil portatif», dit-il. «Je pense que ces outils sont en train de devenir pour que nous puissions les emmener avec nous dans le troupeau, ou le propriétaire du troupeau pourrait avoir l’un de ces appareils qui pourrait rapidement détecter certaines bactéries ou virus spécifiques.»

IntegrOmes est financé à hauteur de 6,75 millions de dollars sur cinq ans par la Fondation canadienne pour l’innovation, jumelé à 10,1 millions de dollars supplémentaires attendus des gouvernements de l’Alberta et de la Saskatchewan, de la Saskatchewan Cattlemen’s Association, d’Agriculture Canada, du LFCE et de ses partisans.

Source : https://www.producer.com/livestock/of-cow-cams-computing-and-genetics/